یکی از کارهای مهم امام هادی ع که امامان قبل از ایشان نیز، اهمیت بسیار به آن می‌دادند، حفظ خط فکری و فرهنگی تشیُّع و جلوگیری از القائات مخالفان بود. این کار، نیاز به تربیت شاگردان برجسته و تشکیل حوزه علمیه و تدریس فقه و عقاید اصول اسلامی داشت که در عصر امام علی النقی (ع) نیز ادامه یافت. آن حضرت شاگردان برجسته‌ای همچون حضرت عبدالعظیم حسنی، ابن سِکیّت اهوازی، اسماعیل بن مهران، ابوهاشم جعفری، جعفر بن سهیل و... تربیت کرد و حوزه علمی فعال و پرتلاشی به وجود آورد. آن امام بزرگوار، در تحکیم و استواری فقه، عقاید و فرهنگ تشیُّع، همت جدی و وسیعی نمود و کتبی نیز در این زمینه نگاشت از قبیل: رساله‌ای در ردّ جَبر و تفویض، رساله‌ای در اثبات عدل و المنزلهُ بین المنزِلتَین، رساله‌ای در احکام دین و... .
همچنین حضرت امام علی النقی (ع) برای معرفی سیمای تابناک اسلامِ راستین، جلسات متعددی را برای بحث پیرامون مسائل مختلف عقیدتی، فکری و اجتماعی برگزار کرد و در این جلسات به سؤالات و شبهاتِ مطرح شده پاسخ می‌داد. جمع زیادی از بزرگان علم و ادب نزد ایشان گرد می‌آمدند و از دریای بیکران دانش آن حضرت بهره می‌بردند. امام هادی (ع) همواره، پناهگاه نیازمندان و گرفتاران بود و هیچ گاه آنان را ناامید از خانه خویش نمی راند. سرانجام حضرت امام علی النقی الهادی (ع) پس از حدود چهل و دو سال زندگی و سی و سه سال امامت، در سوم رجب سال 254 هجری قمری بر اثر زهری که با دسیسه مُعتز (سیزدهمین خلیفه عباسی) توسط معتمد عباسی به آن حضرت خوراندند، به شهادت رسید و آن امام بزرگوار را در شهر سامرا، به خاک سپردند. دوران امامت امام هادی (ع) در سخت‌ترین شرایط، در زمان خلافت پانزده ساله دیکتاتوری متوکل و سپس خلفای بعدی سپری گردید.