آیت الله سید مصطفی خمینی پدر بزرگوار امام خمینی ره در حدود سال 1238 ش (1277 ق) در خمین به دنیا آمد. ایشان پس از پشت سر گذاشتن دروس مقدماتی، برای تحصیل مدارج عالی راهی نجف اشرف گردید و پس از اخذ اجتهاد، در خمین اقامت گزید. این عالم ربانی در دوران اقامت در خمین در قطعه زمینی متعلق به خود کشاورزی مینمود و در عین حال به هدایت و ارشاد مردم اشتغال داشت و ملجأ و پناهگاه آنان بود. از این رو در مقابل زورگویی خوانینِ دست نشانده حکومت وقت، به مقاومت بر می خاست. سرانجام، طاغوتیان ندای حق طلبی او را با گلوله پاسخ دادند و در مسیر خمین به اراک وی را در 42 سالگی به شهادت رساندند. به هنگام شهادت ایشان، بیش از پنج ماه از تولد حضرت امام نگذشته بود و از آن پس تحت تکفل مادر و عمه خویش قرار گرفتند.