آیت الله شیخ سلمان خاقانی در سال 1293 ش 1332 ق در یکی از شهرهای جنوب عراق به دنیا آمد. پس از طی دوران کودکی، در 13 سالگی جهت تحصیل به نجف اشرف هجرت نمود و از محضر آیات عظام: محمدجواد بلاغی، محمدعلی کاظمینی، میرزا باقر زنجانی و سیدابوالقاسم خویی استفاده کرد. ایشان در همان حال از شرکت در فعالیت‌های جنبی غافل نماند و در انجمن‌های اجتماعی، سیاسی و ادبی شرکت می‌جست. آیت الله خاقانی در 43 سالگی پس از درگذشت پدرش که از علمای خرمشهر بود در این شهر سکونت گزید و در طی سه دهه اقامت در خرمشهر، منشأ هدایت مردم و خدمات ارزنده‌ای واقع شد.
پس از شروع جنگ تحمیلی، خانه ایشان پناهگاه آوارگان بود تا این که منزل وی، مورد اصابت توپ و خمپاره قرار گرفت و مجبور به ترک دیار گردید. در جریان جنگ، خانه و مسجد و کتابخانه نفیس آیت الله خاقانی تخریب و غارت شد و او به قم هجرت کرد. سرانجام این اسوه مقاومت و الگوی پارسایی در بیست و چهارم بهمن 1366 ش برابر با بیست و چهارم صفر 1408 ق در هفتاد و شش سالگی در قم جان به جان آفرین تسلیم کرد و در یکی از حجره‌های حرم حضرت معصومه س آرمید.