میرزا محمد مهدی خوانساری در حدود سال 1214 شمسی 1251 قمری در خاندان علم و فضیلت و دانش، در اصفهان به دنیا آمد. پدر وی، میرزا محمدباقر خوانساری، صاحب کتاب گران‌سنگ «روضات الجنّات» و از فضلا و علمای شیعه زمان و فقیهی اصولی، محدثی توانا، عالمی فاضل، مجتهدی کامل و مفسری زاهد بود. میرزا محمد مهدی، تحصیلات خود را نزد پدر دانشمند و عمویش، سید محمد هاشم چهار سوقی و دیگر بزرگان حوزه علمیه اصفهان پشت سر نهاد و از استادان خود به دریافت اجازه اجتهاد نائل آمد. وی از آن پس به تدریس و تألیف روی آورد و آثاری نگاشت که فرائضُ الیومیّه، حاشیه بر قوانین و تعلیقه بر لمعه از آن جمله‌اند. میرزا مهدی خوانساری سرانجام در نوزدهم اسفند 1284 ش برابر با سیزدهم ذی‌حجه 1324 ق در هفتاد سالگی درگذشت و در جوار پدر، در اصفهان مدفون شد.