سید احمد خمینی در ۲۴ اسفند سال ۱۳۲۴ در قم با نام شناسنامه‌ای سید احمد مصطفوی، به دنیا آمد. سید احمد دومین فرزند روح‌الله خمینی ره، بنیان‌گذار جمهوری اسلامی ایران بود. احمد خمینی در سال‌های پیش و پس از انقلاب در سازماندهی روابط روح‌الله خمینی با مسئولان نقش مهمی داشت.
تحصیلات حوزوی خود را در سال ۱۳۴۴ ش در قم شروع کرد. پس از تبعید پدر و برادرش به عراق، به عنوان سر حلقهٔ ارتباطی میان نهضت اسلامی ایرانیان و رهبر نهضت، جایگاه ویژه‌ای در آن دورهٔ سیاسی داشت. وی چه قبل از انقلاب اسلامی ایران و چه پس از پیروزی آن، در مقام مشاور پدر (امام خمینی) فعالیت می‌کرد. بعدها به عنوان رابط امام خمینی در جلسات شورای پنج نفرهٔ مسئولان نظام جمهوری اسلامی ایران شرکت می‌کرد. پس از رحلت امام خمینی، سید احمد تولیت مرقد پدر را بر عهده گرفت. عضویت در شورای عالی امنیت ملی، مجمع تشخیص مصلحت نظام و شورای عالی انقلاب فرهنگی، از سمت‌های وی پس از رحلت امام خمینی بود.