پس از انفجار دفتر نخست وزیری و شهادت رجایی و باهنر، شورای ریاست جمهوری وظیفه اداره کشور را به عهده گرفت. در این میان، حضرت امام خمینی ره تأکید کردند که جای نیروهای از دست رفته سریعاً پر شود و پست‌ها فاقد مسئول نماند. لذا در همان ساعات اولیه پس از انفجار، مذاکره و مشاوره برای تعیین نخست وزیر آغاز شد. سرانجام پس از صحبت‌های طولانی، شورای موقت ریاست جمهوری، آیت الله محمدرضا مهدوی کنی، وزیر کشور دولت شهید رجایی را به عنوان نخست وزیر به مجلس شورای اسلامی پیشنهاد داد و ایشان با کسب 148 رأی از 179 رأی به نخست وزیری رسید. دوران نخست وزیری آیت الله مهدوی کنی تا انتخابات ریاست جمهوری و انتخاب آیت الله خامنه‌ای در مهرماه آن سال به طول انجامید.