ظهور مذهب پروتستان در اوایل قرن شانزدهم میلادی، شکاف عمیقی بین پیروان مسیحیت به وجود آورد و کاتولیک‌ها و پروتستان‌ها در طول سده‌های پس از آن، بارها با هم به نزاع و نبرد پرداختند. یکی از جنگ‌های معروف طرفداران پروتستان با کاتولیکْ مذهبان، در دهه دوم قرن هفدهم میلادی به وقوع پیوست و در حدود سی سال به طول انجامید. در روز 23 مه 1618 میلادی، پروتستان‌های چک که از محدود شدن آزادی‌هایشان توسط فردیناند دوم، امپراتوری مقدس روم نگران بودند، دو فرستاده وی را به قتل رساندند و به این ترتیب جنگ‌های سی ساله مذهبی در اروپا آغاز شد. این جنگ‌ها که عمدتاً در آلمان روی داد، فراز و نشیب‌های زیادی داشت. در طول جنگ، کشورهای فرانسه، سوئد و دانمارک در حمایت از پروتستان‌ها و دولت اسپانیا و امپراتوری روم به طرفداری از کاتولیک‌ها وارد جنگ شدند.
جنگ‌های سی ساله مذهبی اروپا در نهایت، با انعقاد پیمان وِسْتْفالی در سال 1648 میلادی خاتمه یافت، اما اسپانیا و فرانسه تا امضای پیمان پیرْنِه در سال 1659 میلادی با هم درگیر بودند. جنگ‌های سی ساله، علاوه بر ویرانی و تجزیه آلمان و نیز تضعیف امپراتوری مقدس روم، قدرت یافتن فرانسه را در پی داشت. در این جنگ‌ها اگر چه نزاع دیرینه دو مذهب کاتولیک و پروتستان نقش مهمی داشت، اما عواملی چون اختلاف‌های ارضی و سیاسی دولت‌های این قاره نیز در شروع و ادامه جنگ، بسیار مؤثر بود. از نتایج مهم این جنگ‌ها، پایان نسبیِ درگیری‌های مذهبی پروتستان‌ها و کاتولیک‌ها و آغاز رشد جریان‌های ناسیونالیستی و ملی‌گرایی و نژادپرستی در اروپا بود. در کنار این تأثیرات، تفکر جدایی دین از سیاست نیز سر برآورد. به عبارتی، یکی از وقایع مهم اجتماعی که زمینه جدایی نهاد دینی را از سیاست فراهم ساخت، همین جنگ‌ها و پیمان وِسْتْفالی بود. در این پیمان قرار بر این شد که قدرت اقتصادی کلیسا تضعیف شود و به تعبیری، مراکز اقتصادی که در سلطه کلیسا بودند از نفوذ کلیسا خارج گردند.